English | 首頁 | 關於我們 | 基因組序列分析功能性基因組學研究 | 相關連結
 資料庫 | 基因組計畫 | 研究資訊 | 生物資訊
 
相關網站連結
 

資料庫類網站

DDBJ : 日本遺傳學研究所 的基因資料庫
EMBL : 歐洲的EMBO , 包括 WWW services , SRS , BioCatalog
NCBI: 美國的 NLM, NIH,有 Entrez , BLAST , Cn3D
NHRI : 國家衛生研究院 ,有: GCG序列分析, 資料庫檢索 HINT ,鏡相站 ExPasy, GDB
SWISS-PORT : 蛋白質分析資料庫與工具
PIR : 蛋白質序列資料庫 PIR-PSD , 包括蛋白質分類資料庫 i-Pro Class
PDB : 蛋白質資料庫, 清華大學有台灣的鏡相站
NAR雜誌網頁上的資料庫分類目錄

 

基因組計畫類網站

     [水稻 | 阿拉伯芥 | 植物 | 其他]

水稻

日本STAFFRGP
冷泉港實驗室Rice Genome Analysis
Rice BAC End Sequencing Project , Clemson 大學
The Plant Genome Initiative at Rutgers (PGIR)
National Center for Gene Research in Chinese Academy of Science
韓國的Rice Genenome
法國的 IRD center of Montpellier

阿拉伯芥

TAIR : The Arabidopsis Information Resource
Arabidopsis Functional Genomics Consortium (AFGC) in U. Stanfard
Aims in Michigan U.
NASC in Nottinghan
ATGC in Pennsylvania U.
Arabidopsis thaliana Database in TIGR
KAOS in Kazusa , Japan

植物

Agriculture Genome Information System

Agricultural Databases for Decision Support

MaizeDB in at USDA-ARS ( Missouri-Columbia U.)

Plant Genome Databases

Grain Genes at USDA/NAL
植物病害基因庫 : Plant Disease Resistance Genes Database (R-Genes)

其他

陽明大學與榮總合作的榮陽人類基因體定序計劃
Clemson U. Genomics Institute : BAC End Sequences Search
日本的GenomeNet , 包括各種分析工具
GDB: The Genome Database
Human Genome Project
TIGR: 包含各種 database 分析工具
The Sanger Centre : Human, C. elegans / Database, Software

 

研究資訊類網站

     [水稻 | 各類收集 | 研究文獻]

水稻

IRRI Rice Web
美國 USDA-ARS Rice Genetics Research
Cornell大學的Rice Genes
Oryzabase -- gather knowledge from classical rice genetics to recent genomics
BAC-based Physical Map by Texas A&M
Rice-research of Monsanto
Announce of complete rice genome map by Syngenta

各類收集

Biosis Software
Biology Software by Dr. Mick Partis, 收集豐富的分子生物資源
BioSupplyNet 的 BioToolKit ,分析工具依 核酸,基因組蛋白質結構 分類搜尋
日本科學技術事業振興團(JST)所發展之基因組分析軟體 : YEBIS, GeneWalker
Pedro's BioMolecular Research Tools
丹麥科技大學 CBS (Center for Biological Sequence Analysis), 提供各類序列分析預測軟體 生物資訊工具
歐洲生物資訊研究所 EBI, 有許多資料庫分析工具及相關訊息
位於 Rockefeller 大學的 DNA Protein Analysis Toolkit
Washington 大學的 genome center 包括許多Protocols,如常用的assembly program Phrap/Phrap/Consed , Repeatmasker
TIGR 所發展出的分析工具, 包括 Glimmer, MUMmer, Annotator, Assembler等
Weizmann以色列的生物資訊研究, 包括GeneCards, 3DB Browser等資料庫
NEE-HOW : The Bioresource Finder

研究文獻

GCGOxford Molecular Company建構之產品資訊與使用說明
國家衛生院之GCG使用說明
POST : 陽明大學生化所提供的參考教材
Computational Gene Recognition收集基因辨認相關文獻

 

生物資訊類網站

     [基因註解 | 相似性搜尋]

基因註解

Ensembl: 由 EMBL-EBI the Sanger Centre 共同發展之自動註解系統
Genome Annotation Consortium : 收集annotation tools , data sources and catalog
Gene Code : Sequencher
GeneMark
Genotator: A Workbench for Sequence Annotation and Browsing有圖形介面可瀏覽註解結果
GRAIL at ORNL
Genscan at MIT
RiceGAAS and RiceHMM by RGP

相似性搜尋

丹麥科技大學 CBS :發展之各類序列分析預測工具, 如:Intron splice sitesNetGene , Chloroplast transit peptides ChloroP , Transmembrane helices TMHMM
FLAG(Fast Local Alignment for Gigabases) : 由工研院 生醫工程中心 研發之快速比對工具
GenomeNet包含各種資料庫與分析工具, 例如: KEGG , Motif , 並有各類分析工具之整理IDEAS
InterPro : Integrated Resource of Protein Domains and Functional Sites of EBI
Miropeats-Graphical DNA comparisons , by Jeremy Parsons
PLACE 比對植物cis-acting regulatory DNA elements 的資料庫
PSORT : prediction of protein localization sites in cells
SplicePredictor - a method to identify potential splice sites in (plant) pre-mRNA by sequence inspection
Washington U.的 Sean Eddy's 實驗室 以HMM發展之各類搜尋軟體: HMMER ,PFAM, tRNAscan-SE
The Baylor College of Medicine Search Launcher