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| 資料庫 | 基因組計畫 | 研究資訊 | 生物資訊 |
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DDBJ : 日本遺傳學研究所 的基因資料庫 |
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EMBL : 歐洲的EMBO , 包括 WWW services , SRS , BioCatalog 等 |
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NCBI: 美國的 NLM, NIH,有 Entrez , BLAST , Cn3D等 |
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NHRI : 國家衛生研究院 ,有: GCG序列分析, 資料庫檢索 HINT ,鏡相站 ExPasy, GDB |
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SWISS-PORT : 蛋白質分析資料庫與工具 |
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PIR : 蛋白質序列資料庫 PIR-PSD , 包括蛋白質分類資料庫 i-Pro Class |
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PDB : 蛋白質資料庫, 清華大學有台灣的鏡相站 |
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NAR雜誌網頁上的資料庫分類目錄 |
水稻|
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日本STAFF的RGP |
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冷泉港實驗室 的Rice Genome Analysis |
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Rice BAC End Sequencing Project , Clemson 大學 |
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The Plant Genome Initiative at Rutgers (PGIR) |
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National Center for Gene Research in Chinese Academy of Science |
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韓國的Rice Genenome |
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法國的 IRD center of Montpellier |
阿拉伯芥|
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TAIR : The Arabidopsis Information Resource |
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Arabidopsis Functional Genomics Consortium (AFGC) in U. Stanfard |
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Aims in Michigan U. |
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NASC in Nottinghan |
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ATGC in Pennsylvania U. |
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Arabidopsis thaliana Database in TIGR |
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KAOS in Kazusa , Japan |
植物|
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MaizeDB in at USDA-ARS ( Missouri-Columbia U.) |
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Grain Genes at USDA/NAL |
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植物病害基因庫 : Plant Disease Resistance Genes Database (R-Genes) |
其他|
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陽明大學與榮總合作的榮陽人類基因體定序計劃 |
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Clemson U. Genomics Institute : BAC End Sequences Search |
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日本的GenomeNet , 包括各種分析工具 |
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GDB: The Genome Database |
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Human Genome Project |
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TIGR: 包含各種 database及 分析工具 |
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The Sanger Centre : Human, C. elegans / Database, Software |
水稻|
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IRRI 的 Rice Web |
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美國 USDA-ARS 的 Rice Genetics Research |
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Cornell大學的Rice Genes |
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Oryzabase -- gather knowledge from classical rice genetics to recent genomics |
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BAC-based Physical Map by Texas A&M |
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Rice-research of Monsanto |
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Announce of complete rice genome map by Syngenta |
各類收集|
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Biosis Software |
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Biology Software by Dr. Mick Partis, 收集豐富的分子生物資源 |
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BioSupplyNet 的 BioToolKit ,分析工具依 核酸,基因組及蛋白質結構 分類搜尋 |
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日本科學技術事業振興團(JST)所發展之基因組分析軟體 : YEBIS, GeneWalker |
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Pedro's BioMolecular Research Tools |
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丹麥科技大學 CBS (Center for Biological Sequence Analysis), 提供各類序列分析預測軟體 與 生物資訊工具 |
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歐洲生物資訊研究所 EBI, 有許多資料庫分析工具及相關訊息 |
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位於 Rockefeller 大學的 DNA Protein Analysis Toolkit |
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Washington 大學的 genome center 包括許多Protocols,如常用的assembly program Phrap/Phrap/Consed , Repeatmasker |
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由 TIGR 所發展出的分析工具, 包括 Glimmer, MUMmer, Annotator, Assembler等 |
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Weizmann以色列的生物資訊研究, 包括GeneCards, 3DB Browser等資料庫 |
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NEE-HOW : The Bioresource Finder |
研究文獻|
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GCG由Oxford Molecular Company建構之產品資訊與使用說明 |
 國家衛生院之GCG使用說明 |
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POST
: 陽明大學生化所提供的參考教材 |
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Computational Gene Recognition收集基因辨認相關文獻 |
基因註解|
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Ensembl: 由 EMBL-EBI 及 the Sanger Centre 共同發展之自動註解系統 |
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Genome Annotation Consortium : 收集annotation tools , data sources and catalog |
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Gene Code : Sequencher |
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GeneMark |
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Genotator: A Workbench for Sequence Annotation and Browsing有圖形介面可瀏覽註解結果 |
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GRAIL at ORNL |
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Genscan at MIT |
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RiceGAAS and RiceHMM by RGP |
相似性搜尋|
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丹麥科技大學 CBS :發展之各類序列分析預測工具, 如:Intron splice sitesNetGene , Chloroplast transit peptides ChloroP , Transmembrane helices TMHMM 等 |
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FLAG(Fast Local Alignment for Gigabases) : 由工研院 生醫工程中心 研發之快速比對工具 |
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GenomeNet包含各種資料庫與分析工具, 例如: KEGG , Motif , 並有各類分析工具之整理IDEAS |
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InterPro : Integrated Resource of Protein Domains and Functional Sites of EBI |
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Miropeats-Graphical DNA comparisons , by Jeremy Parsons |
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PLACE 比對植物cis-acting regulatory DNA elements 的資料庫 |
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PSORT : prediction of protein localization sites in cells |
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SplicePredictor - a method to identify potential splice sites in (plant) pre-mRNA by sequence inspection |
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Washington U.的 Sean Eddy's 實驗室 以HMM發展之各類搜尋軟體: HMMER ,PFAM, tRNAscan-SE |
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The Baylor College of Medicine Search Launcher |